Кафедра прикладной математики и механики была образована 1 сентября 1998 года в связи с открытием на математическом факультете новой естественнонаучной специальности «Прикладная математика». Заведующим кафедрой стал доктор физико-математических наук Михасёв Геннадий Иванович. Под его руководством коллектив этой молодой кафедры начал нелегкий путь подготовки специалистов в области информационных технологий.
Через три года после образования кафедры (с 2001 года) заведующим кафедрой стала кандидат физико-математических наук Маркова Людмила Васильевна, которая занимала эту должность чуть более десяти лет. Именно благодаря Марковой Л.В. кафедра стала такой, какой ее видят студенты сейчас: энергичной, быстро развивающейся и современной.
В состав кафедры вошли энергичные преподаватели – энтузиасты своего дела: кандидаты физико-математических наук, доценты Л.В. Маркова, Л.В. Командина, С.А. Шлапаков, Е.А. Таргонский, аспирант С.П. Кунцевич.
Опытные преподаватели поставили цель – обеспечить качественный учебный процесс по следующим дисциплинам: «ЭВМ и программирование», «Компьютерные сети», «Алгебра и геометрия», «Дискретная математика», «Вычислительная математика», «Модели данных и СУБД», «Теоретическая механика», «Функциональный анализ и интегральные уравнения», «Методы оптимизации», «Численные методы математической физики» и др.
В декабре 2006 года подписан договор между университетом и резидентом №1 Парка высоких технологий, компанией «EPAMSystems» о создании учебно-научного компьютерного класса с целью подготовки высококвалифицированных специалистов в области IT-технологий. В рамках этого договора в октябре 2007 года на математическом факультете создан компьютерный класс, оснащенный современной компьютерной техникой. На базе этой лаборатории систематически организуются тренинги для студентов и выпускников вузов, которые позволяют максимально приблизить уровень подготовки студентов к требованиям современного высокотехнологичного предприятия.
С целью долговременного и перспективного сотрудничества в области современных информационных технологий в марте 2008 года ОДО «Точные решения» и университет подписали генеральное соглашение.Аналогичное соглашение позже подписано с ИООО КОИНС, ООО «Фабрика инноваций и решений» и др.
В конце 2009 года в целях координации совместной деятельности при проведении научных исследований с применением новейших информационных технологий, повышения квалификации специалистов по актуальным курсам из области компьютерных технологий созданы учебные научно-производственные комплексы совестно с «EPAMSystems» и ООО «Фабрика инноваций и решений».
С 2011 г. заведующим кафедрой является кандидат физико-математических наук Ермоченко Сергей Александрович.
С 2012 г. кафедра начала подготовку специалистов по специальности «Прикладная информатика». Расширился и список дисциплин, преподаваемых сотрудниками кафедры. Так, например, появились такие дисциплины, как «Архитектура компьютеров», «Системное программирование», «Распределённые и параллельные системы», «Современные объектно-реляционные базы данных», «Проектирование программных систем», «Шаблоны проектирования», «Технологии разработки информационных систем», «Web-программирование», «Программирование Интернет-приложений», «Современные графические пакеты», «Компьютерная графика», «Web-дизайн», «Алгоритмические основы машинной графики», «Методы искусственного интеллекта».
С 2013 г. высококвалифицированными преподавателями кафедры для иностранных студентов специальности «Прикладная информатика» начата подготовка на английском языке.
С 2015 года кафедра начала подготовку специалистов по специальности «Программное обеспечение информационных технологий». Выпускники этой специальности получают квалификацию инженера-программиста.